В середине XIX века в ближайших окрестностях Самары построили архиерейский скит - киновию. Скит был устроен протоиереем Кротковым на приобретенной с торгов земле, к которой потом "прирезано было 10 десятин в вечное владение архиерейскому дому". Он находился в 8 верстах от города вверх по Волге.

Всего скит занимал площадь 34 десятины и 12 сажен. На территории скита размещались следующие строения: деревянная церковь, крытая железом, однопрестольная во имя св. Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна (храмовый праздник по ст. стилю 24 июня), далее, летний деревянный дом Его Преосвященства, три деревянных флигеля, братская столовая с кухней и пятью братскими келиями - каменное одноэтажное здание крытое железом, надворные постройки - конюшня, жилой дом для работника с семьей и др. хозпостройки, кладбище в церковной ограде с несколькими богатыми гранитными и мраморными надгробиями, кладбище за оградой в 40-50 метрах южнее церкви, яблоневый и грушевый сады, луг, озеро, два водяных источника в виде колодцев, высокие массивные арочные каменные ворота, дощатый забор, плетень, скамьи вдоль аллей и у ворот.

В скиту проживали 5 монахов и до 10 послушников.

Несмотря на отдаленное от города положение, Предтеченская церковь была любима самарцами. В летнее время ее посещали дачники и многочисленные паломники, останавливающиеся в скиту.

После революции в скиту разместилась детская трудовая колония. Его постройки постепенно стали приходить в запустение. Снесли Предтеченскую церковь, засыпали озеро, срубили деревья, уничтожили кладбище.

В 80-е годы XX века при проектировании Солнечного микрорайона архитекторы обнаружили остатки скита. Это было каменное здание трапезной. Оно оказалось именно в том месте, где планировалось строительство дороги. Архитекторы сохранили его, обойдя застройкой.

30 июня 1991 года состоялось собрание жителей окрестного микрорайона, которое приняло решение о восстановлении прихода разрушенной церкви.

Епископ Самарский и Сызранский Евсевий благословил инициативу жителей и утвердил Устав прихода 1 июля 1991 года, а 5 июля 1991 г. отделом юстиции Самарского облисполкома было выдано свидетельство о регистрации прихода.

Настоятелем прихода в это время был назначен священник, протоиерей Булыгин Олег Анатольевич, который возглавляет церковь Иоанна Предтечи по настоящее время.

Здание, в котором располагается церковь, ранее находилась на балансе садово-дачного треста и в нем размещались курсы гражданской обороны.

Решением Самарского горисполкома в 1991 г. здание передано общине прихода, а в 1993 г. был закреплен и земельный участок площадью 0,9 га, на котором расположен храм, и выдано свидетельство о праве собственности на землю.

В великий праздник Усекновения главы Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна освятили здание бывшей трапезной. Начались работы по устройству в ней православного храма. Проект реконструкции разработал архитектор М.Б. Егоров. К началу февраля 1992 года основные строительные работы завершились, и с 15 февраля 1992 г., на праздник Сретения Господня, начались регулярные богослужения.

В настоящее время администрацией г. Самары принято постановление о проектировании и строительстве храмового комплекса Иоанна Предтечи на базе имеющегося храма и отведенной территории.

В состав будущего храмового комплекса будут входить: крестильный храм св. Иоанна Предтечи, Богоявленский собор, административно-бытовой корпус с духовной школой и хозяйственные постройки, а также благоустроенная территория в виде лесопарка с аллеями и беседками для отдыха.

В 2000 году по инициативе настоятеля и на средства администрации Промышленного района Самары на месте бывшего кладбища установили мраморный памятный крест. Его автор - архитектор А.В. Урюпин.